За время своего правления Государь Император Николай II трижды посещал Новоспасский монастырь. В 1900 году при посещении обители Государем Императором было принято решение об устройстве храма в честь преподобного Романа Сладкопевца в Усыпальнице бояр Романовых. Храм был устроен на средства обители. В 1902 году было совершено освящение храма в присутствии Великого князя Сергея Александровича Романова и Великой княгини Елисаветы Феодоровны. Освящение совершил митрополит Московский Владимир (Богоявленский). 

В 1913 году - в год 300-летия дома Романовых - Новоспасский монастырь посещает Император Николай II. 26 мая 1913 года Государь изволил благодарить за стройное и красивое пение народный хор монастыря, который исполнил юбилейные кантаты и тропарь Феодоровской иконе Божьей Матери - покровительнице царственной фамилии. В те годы Новоспасский монастырь, расположенный на окраине Москвы, становится центром религиозно-нравстенного просвещения населения. На фоне всеобщего охлаждения к вере в обители проводились миссионерские занятия, обучение неграмотных; многочисленным было и организованное при монастыре Общество церковного пения и трезвости, действовало общество хоругвеносцев. 
В 1918 году Новоспасский монастырь был закрыт. К осени здесь уже действовал концентрационный лагерь. Новоспасский монастырь стал первым расстрельным монастырем на Москве.  Святое место стало местом смерти и тюремного заключения. В первые годы здесь находилась женская тюрьма, затем "исправительно-трудовой лагерь" для уголовников и политических заключенных. В 1930-е годы начался новый этап разорения древней обители. Был уничтожен знаменитый монастырский некрополь, занимавший 2/3 территории обители,  где покоились видные деятели Государства Российского и Церкви. В некрополе Новоспасского монастыря были похоронены художник Ф. С. Рокотов (1735 — 1808), бояре Колычевы, князья Черкасские, Урусовы, Лобановы-Ростовские.
В 1935 году территория монастыря передана в ведение хозяйственного управления НКВД. В соборном храме разместили архив НКВД Московской области, в Никольском - склад конфискованной мебели и картофелехранилище, остальные пригодные помещения были переоборудованы и заселены. 
Поруганный и оскверненный, превращенный в место пыток и смерти, монастырь продолжал напоминать о великой Руси, ее славной истории и преданности христианству. Тогда было решено его взорвать. Но помешала этому начавшаяся Великая Отечественная война.
     В 1950-е годы безо всякого внешнего воздействия  рухнул щит с лозунгом "Дома культуры вместо монастырей", висевший над входом в Усыпальницу бояр Романовых. В результате открылся чудесный мозаичный образ Спаса Нерукотворного. Через десять лет началось выселение жильцов и различных учреждений из монастырских помещений. В 1967 году в результате открытого письма Павла Корина был закрыт медвытрезвитель в Знаменском храме. В 1968 году на территории обители создается "Музей истории и современной практики реставрационного дела в СССР". Тогда же начались реставрационные работы, продолжавшиеся более 20 лет. В основном они касались внешнего облика некоторых зданий. Внутри же расположились объединения "Союзреставрация" и ВНИИ реставрации с их художественно-производственными мастерскими.
    Подлинная жизнь вернулась в монастырские стены обители в начале 1991 года, когда Новоспасский монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. Первоначально  вся братия монастыря состояла  из трех человек – наместника, архимандрита Алексия Фролова и двух иеромонахов. С этого момента начались работы по восстановлению обители, которые продолжаются по настоящее время. В 1997 году в Усыпальнице бояр Романовых были перезахоронены останки Великого князя Сергея Александровича Романова. В 1998 году в монастыре был установлен крест-памятник - точная копия креста на месте гибели Великого князя Сергея Александровича, выполненного по проекту русского живописца В.М. Васнецова. 
     В 2011 году исполнилось двадцать лет со времени возрождения обители. К той знаменательной дате в Новоспасском монастыре был открыт музей для всеобщего посещения, который знакомит с посетителей с историей обители. Основу музейной коллекции составляют предметы, обнаруженные в ходе археологических раскопок, и личные вещи Великого князя Сергея Александровича Романова.  13 июня 2012 года под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла состоялось заседание Попечительского совета Новоспасского монастыря, в ходе которого была рассмотрена концепция развития древней обители. До настоящего дня проблем по реставрации и восстановлению достаточно много. 
16 июля 2012 года на территории Новоспасского монастыря для всеобщего поклонения и посещения был открыт так называемый Итальянский дворик, где в 20-е годы ХХ века осуществлялись расстрелы. В последний год полностью отреставрирован центральный купол Спасо-Преображенского собора, ведутся работы по восстановлению в надвратном храме преподобного Сергия Радонежского. Для почитаемых икон  обители были изготовлены прекрасные, тонкой работы оклады. 
Около ста детей являются учениками воскресной школы Новоспасского монастыря. При обители действует певческая школа для мальчиков. Также при Новоспасском монастыре создана молодежная организация « Молодая Русь». С 2011 года на территории обители устроен и успешно действует Центр образования духовенства города Москвы. 
 На протяжении 20 лет Новоспасский монастырь окормляет онкологический институт имени Герцена, где еженедельно совершаются богослужения. Домовый храм, приписанный к обители Спаса, существует в психоневрологическом интернате №18. У монастыря имеются подворья. Одно – в селе Милюково, бывшего Наро-Фоминского района, где построен храм в честь Архангела Михаила. Там  ведется хозяйство, а впоследствии подворье рассматривается как база для  активной социальной работы монастыря. Как и сто лет назад, при монастыре создано подобие общества «Трезвости» , или клуб анонимных алкоголиков. Село Дураково в Калужской области тоже является монастырским подворьем. Там проходят реабилитацию нарко- и алкозависимые. В селе Дураково возведен храм в честь иконы Божией Матери «Неупиваемая чаша».  


Официальный сайт Русской Православной Церкви / Патриархия.ruПравославие и МирПравославие.RuДокументы Поместного собора 1917-1918 годаЦентр образования при Новоспасском монастыре